引言
由于波伦亚大学“限制了学术自由，妨碍了教师及其后代的特权，大量教师和学生被迫离开了波伦亚大学。”年，他们来到帕多瓦大学，奠定了大学的最初基础。帕多瓦大学以法律教育立身，只能给予医学一个附属学科的位置。直到年，所谓的医学院才正式成立。
学校自卡拉莱西执政时便声誉渐起。年帕多瓦并入威尼斯共和国，政府也为学校提供庇护。威尼斯有感于此校影响之大，决定让其发扬“共同的大学，自由的帕多瓦”的校训精神，甚至为此校大开方便之门：除禁止当地居民去其他大学学习外，还关闭了城内原有的大学，如特雷维兹大学。为了将最好的教授者留在帕多瓦，威尼斯给教师提供了颇为丰厚的薪水。
此外，它还派大使物色、招募意大利及阿尔卑斯以北地区其他大学的异国优秀教师。毕业于帕多瓦大学的教皇欧仁五世也加入了支持的行列，给予此校一些新的特权，促使各国学生荟萃于此。这一保护政策使帕多瓦大学超过波伦亚大学，成为科学复兴的中心。解剖学院和医学院迅速崛起，物理学、数学及天文学也大有进步。哥伦比亚大学J.H.朗达总结说：
“15世纪的帕多瓦堪比13世纪的巴黎，抑或14世纪的巴黎和牛津：它是一个中心；欧洲所有的思想都在此汇聚，自成一个完备的知识文集。”已臻成熟的竞争体制使教学水平更上一层楼。教师首先要经学生选举。任期一年后，便有再选的可能。被选中的不易、被淘汰的可能使教师总是拿出最佳状态来上课。后来，教师的任命权转移到了当地政府的手中，但学生仍有发表建议和意见的权利。
年，教师任期被改为四年，并规定两年重选一次。只有极少数的大师，比如西罗尼姆斯·法布里休斯、伽利略才会获得终生教职。竞争是按照学校自身的条例来组织进行。每位授课者都会有位对手。两人会在同一天的同一个小时内讲授同一篇文章。教师之间的这种竞争十分有利于教学。反宗教改革后不久，教皇颁布谕旨，强制各校公开教授天主教教义。
帕多瓦大学向来推崇自由，想方设法曲解指令，接收了许多自天主教大学而来，不愿放弃原先信仰的新教、犹太教及东正教的教徒。威尼斯城及帕多瓦大学于16—17世纪达至巅峰，之后便显出衰颓的迹象。到了18世纪，更露颓相，伟大的共和国也是风雨飘摇。19世纪，奥地利的统治开始后，帕多瓦大学彻底失掉了以往的至尊位置。作为科学的重镇和人才的苗圃，帕多瓦大学先后出现过多位解剖学大家和血液循环发现史上的重要人物：
安德雷亚斯·维萨里、雷奥勒多·科伦坡、塞萨雷·切萨尔皮诺、加布里瓦·法罗皮奥、西罗尼姆斯·法布里休斯、威廉·哈维。此外，安德里亚·阿尔帕戈对于伊本·纳菲斯著作的重新发现居功甚伟。还有两位帕多瓦医生也应占有一席之地。皮耶托·达巴诺，曾负笈巴黎，于13世纪将伊本·鲁世德所译的亚里士多德的著作带至帕瓦多。他是阿拉伯医学和古希腊思辨哲学的信徒，讥讽圣人的光环，怀疑魔鬼的存在。
宗教法庭将其斥为异端。他去世四十年后，法庭下令将其遗体烧毁。乔瓦尼·莫尔加尼于18世纪革新了临床解剖方法，即在尸体内寻查引起疾病或死亡的器官病变。其他学科领域也不乏杰出人物：皮科·德拉·米兰多拉、哥白尼、西斯都四世、德西德里乌斯·伊拉斯谟以及伽利略（他在帕多瓦教书长达十八年）。13世纪，为打击清洁教派和浮多瓦派，托钵修会成立了。然而此后，它却极大地促进了诞生不久的大学的发展。
基督教也由此打开了通向科学的大门。多米尼克·古兹曼是西班牙贵族兼教会名士，年，他于图卢兹创建了多明我会。亚西西的圣方济各是富商子弟，他抛却家业，于年创建了方济各会。与其他修会不同，托钵修会在城中活动，与大学有着直接联系。他们从中获益，利用大学培养擅长雄辩的修士，以打击异端。多明我会信奉亚里士多德和自然主义，控制着巴黎大学；方济各会信奉柏拉图和奥古斯丁，占据着牛津大学。此二修会在波伦亚大学也各有势力。
13世纪最为杰出的科学家大多出自托钵修会。多明我会中，较为瞩目的是两位巴黎大学的教师：那不勒斯人圣·托马斯·阿奎那和德国人大阿尔伯特；方济各会中，尤其要数几位牛津大学的英国人最为出色：罗伯特·格罗斯泰斯特、罗杰·培根、圣·博纳旺蒂尔和邓斯·司各脱。作为中世纪大学的主创者，托钵修会此后取代本笃会——当时基督教图书馆的保护者。
这是一个历史性的转折，从此大学取代图书馆，成为知识传承的中介。安伯托·艾柯的小说《玫瑰之名》的故事发生在14世纪，正体现了这一转折。书中有一位本笃会修院院长，在方济各会教友威廉·德·巴斯克威尔面前伤感，说自己那曾被奉为基督教最好的图书馆如今却被城中的大学给超过了。安伯托·艾柯承认自己的灵感来自奥卡姆的威廉，从而创作出威廉这一人物形象。
奥卡姆的威廉被人称为“驳不倒的博士”，曾先后求学于牛津、巴黎两所大学。他第一个提出世俗权力高于教会权力；主张世俗与教会、理性与宗教的分离。在他看来，哲学并非神学的奴仆，科学与宗教也并无联系。他被后人视为英国经验主义的先驱。托钵修会的理性主义发展还与公元8世纪的穆尔太齐赖派思潮有关。此思潮始于通过雄辩术打击异端邪说，力图调和信仰与理性。
在这三个世纪内，尽管科学获得解放，理性思想开始浮现，但血液循环研究领域并无任何重大进展，其他科学领域也是如此。人们依然坚信盖伦的室间隔渗透理论，尽管解剖很容易证明它的谬误。人们仍旧认为肺静脉中包含的是水汽，尽管后来的活体解剖证明它包含的是血液。最后，人们坚信血液流向身体四周，然后被消耗殆尽。将盖伦和希波克拉底视作科学先知的经院哲学依旧被盲目尊崇，这无疑阻碍了科学的发展。
须等到16世纪，决定性的转折才开始出现。随着年《人体构造》的出版，维萨里修正了盖伦的观点，革新了解剖学的研究方法，通过人体解剖而非从古人书中来发现解剖学的真理。同一年——这当然并非巧合——哥白尼发表了《天体运行论》，提出“日心说”，驳斥了托勒密的观点。此三个世纪虽没有新颖的科学观点产生，却也十分必要。在观察和实验的基础上孕育出的新的科学，须得好好吸收前人的观点。
要撼动已有的思想体系，使亚里士多德主义的思想教堂产生裂痕，需要来一次地震。这便是拜占庭的覆灭。13世纪，自科尔多瓦和塞维利亚失陷后，安达卢西亚的穆斯林势力就蛰居到了格拉纳达王国，成为西班牙诸国王的附庸。两个世纪后，受到亚洲大草原上土耳其骑兵崛起的刺激，伊斯兰教开始了它的复仇。它夺取了基督教的宝地——拜占庭，使其遭受重创。
年5月29日，面对奥斯曼的重炮，君士坦丁堡停止抵抗。城市投降的当天侵略者们奸淫掳掠，无恶不作。当天，战胜者穆罕默德二世就将圣·索菲教堂改造成了清真寺庙，同时安放壁室，将其朝向麦加，以做晚祷之用。惨剧发生不久，君士坦丁堡不复存在，此后被更名为伊斯坦布尔。圣·索菲教堂上的十字架被撤除，引起一片哗然，几个世纪后对于此事的议论依旧未休。
奥斯曼人忙着瓜分拜占庭的财物，却未注意它的精神宝藏。一位博学的志士逃往意大利，带走了大量手稿，也将柏拉图精神传播过去。它们为意大利注入了活力，大大促进了佛罗伦萨的文艺复兴。其实，早在年佛罗伦萨的主教会议上，许多拜占庭的学者就前来寻求过帮助，希望西方出力帮助拜占庭抵抗奥斯曼的入侵。他们引起了科斯莫·德·美第奇的注意。
结语
后来，他的孙子洛伦佐·德·美第奇大力支持柏拉图运动的开展。他将自己的宫廷向柏拉图学院开放，并亲身参加学院会议。与会的有马尔西利奥·费奇诺，他是学院的缔造者兼柏拉图著作的译者；克里斯托弗罗·兰迪诺，他将佛罗伦萨从教条主义解放了出来，将科学发现运用于自然；最后还有皮科·德拉·米兰多拉。
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